新生儿体内有较高的红细胞数目，而且红细胞的寿命较成人短。造成黄疸的原因是当红细胞老化破坏时，血红素经代谢后产生胆红素，胆红素由血液运送到肝脏，而新生儿肝脏的功能尚未成熟，因此吸收胆红素的能力较差，经代谢后，由胆管排出胆红素于肠胃道间，通常粪便会呈现黄色。但由于新生儿的肠内菌较少，加上肠道的蠕动比较差、吸收能力也不好，因而会增加肝肠循环，还来不及排出的废物又被身体吸收，所以造成黄疸症状。
黄疸症状会随着时间而改善，由于新生儿体内器官功能的生长会逐渐成熟完整，所以大部分的新生儿黄疸会在出生后两周内改善。由于胆红素对身体的组织具有毒性，尤其对中枢神经系统的伤害更大，因此严密监控黄疸指数很有必要，一旦遇上病理性黄疸的症状，则须进行积极治疗，严重者则需要换血治疗。
过去的研究认为，新生儿黄疸严重者可能造成宝宝中枢神经的伤害。但时至今日，有些医学研究指出，胆黄素其实是绝佳的抗氧化剂，能帮助新生儿面对离开母体后大量氧化的情况，并有助于新生儿适应新环境。